La contaminación por residuos orgánicos en las bahías de Cuba aumentó 2,3 por ciento durante 2004, en contraste con un descenso de 3,6 por ciento de la carga recibida por las ocho principales cuencas hidrográficas del país. Informes del Ministerio de Ciencias, Tecnología y Medio Ambiente mencionaron entre las más contaminadas a las bahías de Cárdenas, a unos 120 kilómetros de La Habana y las de Puerto Padre y Nipe, ambas al este del país.
Cuba cuenta con unas 20 bahías, que constituyen valiosos recursos naturales del país. Según los reportes oficiales, las aguas de la bahía de La Habana aún presentan condiciones desfavorables, aunque la carga de 51 mil 741 kilogramos de materia orgánica que recibe diariamente es 63 por ciento menor a la de 1998.
La contaminación es uno de los principales problemas del ambiente marino y costero cubano, junto con la erosión y el aumento de la salinidad en aguas superficiales.